O Manifesto do Alquimista tem uma crítica aos regimes ditatoriais/comunistas e uma revelação de como é a arte alquímica em suas diversas formas
Paulo engenheiro mecânico, resolve morar em um sítio e tornar o sítio ao pé da serra um lugar autossuficiente, então ao ir ver uma plantação de tomates ele encontra um raio bola e com a enxada na mão, ele estende a enxada a fim de evitar o choque com o raio, mas o raio solta uma fagulha e ele cai desacordado. Fato que faz com que sua consciência vá parar em um mundo paralelo onde o lugar é governado por uma ditadura comunista.
A jornada de Paulo continua em uma civilização que reside em construções com formato de cone. Durante sua estadia, ele decide ir pescar, mas esse simples ato o leva a ser preso pelas autoridades locais.
Após ser submetido a um julgamento e condenado a fogueira, o destino de Paulo muda drasticamente através de uma fuga mágica, orquestrada com a ajuda do enigmático alquimista Shanerraiananda, escapando de forma extraordinária para as vastidões do deserto lunar.
Lá naquele outro ambiente, Paulo recebe as instruções iniciais dobre alquimia, como é formada e transformada a matéria, o tempo e a gravidade e sobre a história da Alquimia.